Verunreinigungen des Trinkwassers durch Nitrit und Ammonium deuten auf eine akute, frische organische Verunreinigung hin (Mineralisierung von organischem Stickstoff), z.B. durch Fäkalien, so daß auch mit bakteriologischen Befund zu rechnen ist. Nitrit kann durch chemische Reduktion von Nitrat unter anderem auch in verzinkten Eisenrohren der Hausinstallation entstehen. Es ist wesentlich giftiger als Nitrat.

Ammonium kann darüberhinaus zu Geruchsbeeinträchtigung führen, vor allem wenn das Wasser gechlort wird und sich deswegen als Reaktionsprodukte Chloramine bilden.