Ein erhöhter Nitratwert ist normalerweise ein Hinweis auf eine Verunreinigung durch organische Stoffe z.B. aus Gülle, Jauche, Fäkalien, Abwasser, Klärschlamm, aber auch aus Mineraldünger oder Luftschadstoffen.

Nitrat selbst ist relativ ungiftig. Nur in höheren Konzentrationen kommt es zu Wirkungen auf die Darmschleimhaut und die Schilddrüse. Durch Umwandlung zu Nitrit, das sich im Körper (durch Bakterien oder enzymatisch) oder außerhalb des Körpers z.B. durch Bakterien im Wasser und in Lebensmitteln, bilden kann, wird es besonders für Säuglinge zu einem Atemgift , indem es die Sauerstoffaufnahme des Hämoglobins blockiert. Die Folge ist eine Methämoglobinämie bis hin zu einer Blausucht (Zyanose) durch Atemnot. Außerdem kann Nitrit mit bestimmten Aminen (z.B. aus Medikamenten) krebserregende Nitrosamine bilden.

Der Grenzwert für Nitrat ist nach der TrinkwV 50mg/ l. Nitrat kann auch, normalerweise in Spuren in natürlichen Gewässern vorkommen und zu Nitrit reduziert werden.